SSL Multidominio

En resumen lo correcto es como empresa u organización comprar un único certificado para todos los dominios en la misma IP.

Explicación:
https://www.globalsign.es/socios/varios-certificados-ssl-en-unica-direccion-ip/

Ver Organization SSL:
https://www.globalsign.es/ssl/certificados-ssl/ssl-multidominio/

Ver Organization SSL:
http://www.interdominios.com/certificados-ssl-digitales.aspx

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Otros proveedores
https://www.openprovider.es/certificados-ssl/multi-dominio/

https://www.digicert.com/es/ssl-multi-dominio-con-ev.htm

http://www.dondominio.com/products/ssl/comodo-multi-domain-ssl/

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Explicación:
http://atlantic-canary.net/es/certificados-https

Una posible solución al problema:
SNI (Server Name Indication). instalar modulo GNUTLS en Apache (no tengo forma de hacerlo).
Información:
http://es.wikipedia.org/wiki/Server_Name_Indication
https://wiki.apache.org/httpd/NameBasedSSLVHostsWithSNI


CAcert.org es una autoridad certificadora dirigida por la comunidad que emite certificados gratuitos al público. En necesario fomentar el uso de CACert